В отличие от топливных брикетов, пеллеты невозможно сжигать в обычных котлах, предназначенных для дров, каменного угля или другого твердого топлива. Для пеллет необходима специальная конструкция топки, которая оборудуется подвижной колосниковой решеткой, или другими приспособлениями, обеспечивающими перемешивание топлива, иначе пеллеты спекаются и не горят. Бытовые котлы бывает возможно дооборудовать специальными горелками, которые позволяют сжигать пеллеты.

В любом случае, имеющееся котельное оборудование для работы на пеллетах использовано быть не может и нуждается в замене либо переоборудовании, что означает дополнительные затраты.

Проблему также составляют высокие требования к качеству пеллет. Например бытовой котел на пеллетах обычно содержит специальную горелку, в которой пеллеты, собственно, горят. Если при этом топливо не очень чистое, то постепенно накапливается спекшаяся зола, которую необходимо постоянно очищать. Отсюда жесткие требования к зольности пеллет, особенно предназначенных для бытового использования.